A "Versão de Kyoto" aconteceu vários meses depois que Kenshin se juntou ao Kamiya Dojo. Shishio Makoto planeja conquistar o Japão destruindo o governo Meiji, começando com Kyoto. Sentindo que seus amigos podem ser atacados, Kenshin vai encontrar Shishio sozinho para derrotá-lo. No entanto, muitos de seus amigos, incluindo um jovem Oniwabanshū chamado Makimachi Misao, decidem ajudá-lo em sua luta.
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~ A saga de Rurouni Kenshin é contada em 3 filmes, esse é o segundo.
