Três anos se passaram desde o infame massacre de Battle Royale, e uma das crianças que sobreviveram ao jogo sangrento - Shuya Nanahara - montou um grupo terrorista, declarando guerra aos adultos japoneses. Um novo jogo é estabelecido pelo governo, e os 42 alunos selecionados aleatoriamente recebem, desta vez, a tarefa de invadir a fortaleza da ilha dos terroristas para matar Nanahara em três dias - ou eles próprios serão exterminados.
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